医院始建于1994年，隶属于中国中医科学院。

2007年，成为国家中医药管理局“十一五”重点专科眼科协作组牵头单位、北京市中医眼科特色诊疗中心项目建设单位、国家中医药管理局及北京市中医管理局“治未病”临床基地、国家中医药管理局中医优势学科继续教育基地、北京市中医管理局薪火传承“3+3”工程唐由之名医工作室建设单位、世界卫生组织传统医学眼科疾病诊疗方案的编制单位、北京市医保定点单位。

北京中医药大学第三附属医院是创立于1964年10月的一家集医疗、教学、科研、预防、保健和康复于一体的三级甲等中西医结合医院，亿元承担了国际科技合作项目和国家自然科学基金等机构的国家级科研课题15项。

这是一所以中医中药治疗为医疗工作主体，同时全面承担医疗、教学、预防、康复等众多人物的拥有六十多年文化底蕴的三级甲等中医专科医院，也是北京最早的公立中医医疗机构，曾先后五年被评为首都精神文明建设先进单位和西城区文明示范窗口单位。

这是一个创办于1984年位于北三环全国十大医学类大学北京中医药大学的南门东侧，是该学校的医疗、教学以及科研基地，而医院也正是以大学为依托而拥有良好的资源平台，坚持用学者的眼光、严谨的态度把握好每一道关卡。

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