戴笠的特务处也很垂涎顾顺章，邀他前去讲授对付中共的办法，并加以拉拢。

1934年，陈立夫派顾顺章到日本去考察特工，但顾返国后就被戴笠收买，答应跳槽到特务处工作。这便引起了陈立夫和徐恩曾的震怒，决心要除掉顾顺章。

次年4月，徐恩曾派干将顾建中将顾顺章杀掉。杀顾后，徐恩曾为了掩人耳目，故意散布消息，专说顾是因为组织新共产党而被纪律制裁的。戴笠吃了“哑巴亏”，当然恨死了徐恩曾。

经过这两件事，“两统”的关系进入了互相斗争的阶段。

军统和中统本来按规定各有工作范围。军统面向军事、警察、保安部门，中统多在党政、经济、文化部门。宪兵和海军本是戴笠欲染指的对象，但徐恩曾却也想渗透进去。

20世纪30年代中，他借兼任宪兵司令部政治督察之机，掌握了司令部的警务处和军法处、看守所，并把这两个处的主要干部都吸收进中统组织，专门操办政治案件，以获取情报。

戴笠的军统掌管军事领域后，中统本应把宪兵部门让于军统，但徐恩曾却抓住不放，一直到1949年退台前夕，中统系统都还在与宪兵部门合作。

对于海军方面，虽然在抗战后期已被戴笠视之为掌中之物，但徐恩曾却利用海军司令桂永清与戴笠的矛盾，成功地在海军司令部成立中统调查室，掌握了海军情报系统，使戴无法插手现有的海军，不得不寄希望于依靠美国人来重建新的海军。

使“两统”矛盾激化而开杀戒的事，首先发生在1939年，中统局第三组长卢斌，在山东活动期间，与军统局驻鲁专员厉文礼发生矛盾，竟被厉枪杀。这场风波虽被处理，但双方从此结下了新仇恨。

1941年2月间，戴笠最喜爱的军统行动和暗杀专家赵理君在河南任军委会战时华北督导团专员时，又与中统河南省调查室主任韦孝儒，因抢夺地方缉私权而发生矛盾。

赵倚仗他在军统的势力，一怒之下竟派人将韦绑架，把韦孝儒及其随行八人一起活埋在一口枯井下面。

徐恩曾闻讯大怒，命令中统搜集事证，向蒋介石报告。蒋介石看无法收场，就转令戴笠调查处理。结果使军统方面无可抵赖，戴笠只好忍痛把赵理君逮捕枪毙于西安。此事使戴笠与徐的关系达到了势不两立的地步。

警察系统素来是戴笠与中央警官学校教育长李士珍争夺激烈的部门，徐恩曾虽无法在警察方面有所作为，但他却暗中支持李士珍。

在1943年至1944年间，戴笠草拟了一个建警计划，欲在行政院下设一个警察总监部，把全国警察统一在国民党中央的指挥之下，由他来掌握。

徐恩曾知道后，一面支持李士珍另搞一个十年建警计划，一方面向陈果夫、陈立夫汇报，让二陈从中作梗。蒋介石本来已准备批准戴笠的建警计划，有意让戴当全国警察总监。

当他交方案给侍从室第二处主任陈布雷、第三处主任陈果夫研究时，他们却认为警察的指挥权一直在省市县地方政府，一旦划归中央，则地方维持治安可虞。

同时以军统的人任警察总监，多有不宜，不仅将在国内招致议论，且英美盟邦亦可能产生非议，贻人口实。蒋介石闻此思想动摇，再加上此时他对戴笠扩充势力已有担心，于是戴笠的计划便未能实现。

徐恩曾一贯好色贪财，他在吴兴老家本来有一个老婆，20世纪30年代在南京又霸占了一个东北籍女学生。

1931年，他又迷上了一个向中统自首的中共女叛徒费侠，把她安置在国民党中央党部民训委员会任干事，并与之姘居。

抗战后国民政府从南京撤退武汉，两人的关系公开化，这引起了国民党内许多人士的指责。

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