任何生命都是一个完整的工作系统，身上应该都带有一个类似于系统软件那样的东西，我们可以把这种东西称作生命的“灵魂”。

从这一点来推导，我们认为，灵魂应该是存在的。否则我们不可能在对人脑结构已经有如此深入的了解之后，对于意识如何形成的问题仍然一无所知。假如不存在灵魂，人体这台机器为什么能够自动运转就无从解释，人类为什么能够拥有意识的问题就无法回答。

有人会把“灵魂”与“意识”混为一谈，其实它们之间是有很大区别的。

我们人类拥有自主意识，它在控制着我们的一言一行。当我们感到饿了，就会去找东西吃，感到渴了，就会去找水喝。这种现象容易让人产生一种感觉，那就是人的所有行为，都是在意识的指导之下完成的，但如果真这么想那就完全错了。

实际情况是，我们在绝大多数情况下，身体反应都是在无意识的状态下完成的。晚上睡觉时，意识消失了，但我们仍在有规律地呼吸着，身体各部分机能仍在正常运转；即便是在清醒的状态下，我们的身体也更多的是无意识的反应，有意识的行为只占少数，比如我们的意识没有指挥心脏的跳动，但它却一直在跳着。

由此看来，灵魂与意识是不一样的。灵魂就像是我们身体的系统软件和驱动程序，它掌控了我们的整个身体；而意识只是灵魂的一项功能，它只在比较高的层面上起作用。这就好比是在操作电脑听音乐时，你在播放器中点击那首歌，这相当于是意识主导下的行为；接下来那些读取歌曲文件、调用解码器解码、把信号传送到音箱去之类的工作，并不需要你逐项发出指令，操作系统就会自动完成，这相当于是在非意识主导的状态下，灵魂这个驱动程序作出的自动反应。

灵魂与肉体的关系，就相当于电脑中软件与硬件之间的关系。意识相当于是在软件运行过程中，系统产生的对外界和自我的认知，因而从这个角度来说，意识应该是灵魂的产物，而不是物质。正因为生物体最重要的生命现象，不是来自于物质，而是来自于灵魂，所以生物体看起来与没有生命的无机物之间才会如此的不同。

软件的运行必须依赖于硬件，它不能独立存在，也不能独立发挥作用，这就是为什么灵魂需要依赖于肉体存在，一旦肉体消亡，它也就跟着不见了。

这容易让人产生一种错觉，以为是硬件在决定着软件。就像唯物论者那样，认为是物质在决定着意识，更有甚者认为意识是由物质派生出来的，是物质的附庸。

但其实灵魂和肉体是两种互相独立的东西，就像软件和硬件是完全不同的两种事物一样，对于生命而言，这两者同样的重要，缺一不可。

软件虽然需要依赖于硬件才能运行，但却并不代表着它就完全受制于硬件。首先是硬件的功能必须在软件的支持下才能够实现，否则它就只是一堆废铜烂铁而已，对于生命来说也是一样，如果没有了精神，生物体就只是一堆不会动的死肉。

其次是软件反过来也可以影响硬件，比如某些病毒程序可以攻击硬件系统，使硬件遭到损坏，同样的道理，精神对于肉体也有着十分重要的影响，精神的愉悦对于身体的健康起着积极作用，而在精神受到重创时，也会严重损坏身体的健康。

灵魂无法为我们的感官所感知，所以我们无法通过感官确定它的存在，很容易误以为它不存在。有人说，我是外科医生，经常打开人的大脑，却从来没有见到过灵魂。但你可以想想，当你修电脑的时候打开主机，能看到软件的存在吗？

当然，灵魂是个软件只是个比喻而已，因为软件只是虚无的代码，而灵魂却有可能是活的。

在把人类看作是一台肉体机器的年代，有一个问题很难解释：人为什么需要睡眠呢？有人说，那是因为身体这台机器需要休息。但实际上，机器是不需要休息的，你可以看看我们的心脏，它一辈子一直在跳着，并不需要休息。而且从进化论适者生存的角度来看，睡眠会减少觅食的时间，睡着了不醒人事时还会给敌人以可乘之机，这显然是不利于生存的。

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